El personaje principal que da nombre a la serie es Naruto Uzumaki (うずまきナルト Uzumaki Naruto?), un joven ninja que alberga en su interior al demonio Kyūbi y que desea convertirse en Hokage de su aldea para demostrar a todos su verdadero poder, al igual que su valentía. Sus compañeros de grupo (al inicio de la historia) son Sasuke, Sakura y Kakashi, éste último su maestro. Con el avance del relato, dicho grupo cambia a partir de que Sasuke decide abandonar la aldea para llevar a cabo su venganza personal. Poco después, Naruto se convierte en aprendiz de Jiraiya.
Sasuke Uchiha (うちはサスケ Uchiha Sasuke?) es miembro del clan Uchiha. Es un chico serio, aunque posee gran habilidad para las artes ninja. Su objetivo es hacerse lo suficientemente fuerte como para derrotar a su hermano mayor Itachi, que asesinó a todos los demás compañeros de su clan. En lo sucesivo, abandonará la aldea para entrenar con Orochimaru.
La única chica del grupo es Sakura Haruno (春野サクラ Haruno Sakura?), quien inicialmente está enamorada de Sasuke y desprecia a Naruto. Al avanzar la historia ve que Sasuke no tiene ningún interés en ella y empieza a apreciar al segundo. Se convierte en aprendiz de Tsunade, con quien aprende técnicas medicinales ninja.
Kakashi Hatake (はたけカカシ Hatake Kakashi?) es el primer maestro del equipo de Naruto, Sasuke y Sakura. Es un ninja experimentado, severo a primera vista y amante de las novelas para adultos que se preocupa mucho por el trabajo en equipo. Posee un Sharingan (técnica de línea sucesoria) en su ojo izquierdo, el cual consiguió de parte de un miembro del clan Uchiha que era amigo suyo (Obito Uchiha). Éste se lo dio en una situación desesperada. Con este ojo, Kakashi ha copiado muchas técnicas de otros ninjas, lo que le ha valido el apodo de «Ninja copia».
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